שנה וחצי לאחר הקמתה, שלחה ועדת גרוניס העוסקת בפרשת הצוללות חמש הודעות אזהרה לגורמים העלולים להיפגע מהחקירה בנושא. הוועדה הזהירה בין השאר את ראש הממשלה בנימין נתניהו, וייחסה לו סיכון לביטחון המדינה ופגיעה ביחסי החוץ ובאינטרסים כלכליים של מדינת ישראל.
מראש הממשלה נמסר בתגובה: "ראש הממשלה נתניהו קובע שהצוללות הן יסוד מרכזי בביטחון הלאומי של ישראל ובהבטחת קיומה נגד איראן שמנסה להשמידנו. רכש הצוללות וכלי השייט לא רק שלא פגע בביטחון המדינה - הוא מבטיח את קיומה. ההיסטוריה תוכיח שגם בנושא הזה ראש הממשלה נתניהו צדק וקיבל את ההחלטות הנכונות לביטחון ישראל".
שיבוש עמוק בשורה של סוגיות רגישות
גם שר הביטחון לשעבר, משה בוגי יעלון, קיבל מכתב אזהרה בשל חשדות לכך שפעל מאחורי גב הממשלה בעניינים הנוגעים לפרשה. ראש המוסד יוסי כהן קיבל אזהרה מתוקף תפקידו כראש המל"ל והיועץ לביטחון לאומי בשנים הרלוונטיות. הוועדה טוענת כי כהן "התנהל בחוסר מקצועיות, בחוסר זהירות ובחוסר שקיפות בשורה של סוגיות מדיניות וביטחוניות רגישות". עוד הוזהרו מפקד חיל הים לשעבר, רם רוטברג, ואבנר שמחוני שעבד במל"ל בין השנים 2010-2016.
על פי הודעת ועדת החקירה, "בשלב זה עולה כי בנושאים הנחקרים על ידי הוועדה חל שיבוש עמוק בתהליכי עבודה ובמנגנוני קבלת החלטות בשורה של סוגיות רגישות. זאת, תוך יצירת סיכון לביטחון המדינה ופגיעה ביחסי החוץ ובאינטרסים כלכליים של מדינת ישראל".