בין המוצגים הבולטים במוזיאון ישראל אפשר למצוא כלים שהיו בשימושם של קהילות מסויימות ומהם ניתן ללמוד על מנהגי הקהילות. כך, למשל, מוצגים שתי כורסאות כבוד, שעליהם התכבדו לשבת בשמחת תורה, חתן תורה וחתן בראשית. הכסאות המיוחדים היו בשימושם של מתפללי בית הכנסת של משפחת קזיס בעיר מנטואה באיטליה. הנה כך אנו למדים על מנהגם הייחודי של בני הקהילה להושיב את חתני התורה על כסא כבוד.
המבקרים במוזיאון בימי חול המועד סוכות, יוכלו לראות את הסוכה המצויירת של משפחת דלר מהעיירה פישאך בגרמניה, שהוברחה ארצה בשנת תרצ"ז (1937) בעקבות עליית הנאצים לשלטון. בדופן המרכזית מצוירת ירושלים ובטבורה הכותל המערבי. על דופנות הצד מצוירים נופי העיירה פישאך. עוד באגף היודאיקה ספרי תורה עתיקים, עיטורים ו"מעילים" לספרי תורה מקהילות שונות בפזורה היהודית.
מוקד משיכה משמעותי הן שתי דלתות ארון-הקודש מבית-הכנסת של הרמ"א בקראקוב. בית כנסת הרמ"א נבנה מחדש בשנת 1557, הוחרם ע"י הגרמנים בתקופת השואה ושימש כמחסן לציוד כיבוי אש. בשנת תשי"ז (1957) עבר בית הכנסת שיפוץ גדול והושב לו עיצובו הפנימי מלפני השואה.
מיצג אחר המעורר עניין רב הוא תנ"ך הננו, התנ"ך הזעיר בעולם, שיוצר בטכניון. מדעני הטכניון חרתו באמצעות טכנולוגיה חדישה את התנ"ך כולו על גבי שבב סיליקון בגודל גרגר סוכר. העותק החדשני והזעיר ביותר של התנ"ך מוצג לראשונה בהיכל הספר לצד המגילות הגנוזות. מצגת שהופקה במיוחד מציגה את תהליך העבודה של התנ"ך הזעיר. בעזרת מיקרוסקופ ניתן לקרוא את הטקסט המוגדל מבעד לעדשת.
במוזיאון שפע של תערוכות - "פרעה בכנען" על שלטון מצרים בכנען בימי אבותינו, מומיה של מצרי קדום מלפני 2,200 שנה, היכל הספר - משכנן של המגילות הגנוזות, דגם ירושלים ובית המקדש בימי הבית השני, סיפור מגילות מדבר יהודה בסרט אנימציה לכל המשפחה, ועוד.
בימי חול המועד שפע של פעילויות לילדים - סדנאות לבניית עפעפונים, העפיפוניאדה - הפרחת עפיפיוני ענק ביום שלישי, א דחוהמ"ס, סדנאות יצירה ופעילויות מגוונות לילדים. הכניסה לילדים ונוער עד גיל 17 חינם. בחול המועד, בימים שלישי, רביעי,וחמישי, המוזיאון פתוח משעה 10 בבוקר עד 5 אחה"צ וביום שלישי עד 10 בלילה. במתחם המוזיאון - סוכות כשרות המיועדות לישיבת המבקרים.