הרפורמים והקרן החדשה לישראל פתחו בחזית נגד הרב אליהו. 1000 רבנים רפורמים, בהם נשיא הקרן החדשה לישראל ברייאן לורי, נשיא התנועה הרפורמית העולמית הרב ריק ג'ייקובס ומנכ"לית התאחדות הרבנים בארה"ב, הרבה ג'ולי שווינפלד, שיגרו מכתב בדרישה שלא למנות את הרב שמואל אליהו לתפקיד רב העיר ירושלים.
בחודשים האחרונים נשמעות טענות לפיהן הרב שמואל אליהו מתכונן להציע את מועמדותו לתפקיד הרב הראשי הספרדי של העיר ירושלים, זאת במידה והרב אריה שטרן לא ימונה בסופו של דבר לתפקיד הרב האשכנזי בעיר.
בתגובה לטענות אלו פתחו היום (ג') הרבנים הרפורמים והקרן החדשה לישראל בחזית כנגד רב העיר צפת ודורשים שלא למנותו כרב העיר ירושלים. במכתב אותו שיגרו הרבנים הרפורמים לראש העיר ניר ברקת הם טוענים כי "הרב אליהו תיאר ערבים ומוסלמים בצורה גזענית ומשפילה. מינויו ישלח מסר של מחלוקת וחוסר סובלנות", בכך בוחרים הרפורמים להשמיץ בצורה בוטה את אחד הרבנים הבכירים של הציונות הדתית.
יש לציין כי בקרב החותמים ישנם רבנים אשר מוגדרים אורתודוקסים אך מובילי הדרך הינם רבנים רפורמים וכן הקרן החדשה לישראל אשר שבה לתקוף את הציונות הדתית לאחר תקופה ארוכה. בין החתומים נכללים 'רבות' וכן רבנים רפורמים רבים אשר נותנים את הטון. לא ברור מדוע רבנים אורתודוקסים משלבים את חתימתם יחד עם רפורמים בולטים ואנשי הקרן החדשה לישראל אשר אינם ידועים באהדתם לציונות הדתית.
הרבנים הרפורמים קוראים לברקת להימנע ממינוי של הרב אליהו לתפקיד רב העיר. לטענתם מדובר באדם שנוי במחלוקת אשר מעשיו בעבר פגעו והדירו קבוצות שונות בחברה כגון נשים וערבים ומינויו לרב העיר תפגע באוכלוסיות שונות בעיר.