הרב אליעזר מלמד, ראש ישיבת הר ברכה, מנצל את חילופי הרמטכ"ל כדי לסגור חשבון עם שר הביטחון, אהוד ברק, אשר הדיח את ישיבתו ממסלול ה"הסדר". במדורו "רביבים" המתפרסם בעיתון "בשבע" כותב הרב מלמד כי "מסתבר שרוחו הרעה של שר הביטחון אהוד ברק משרה אווירה שלילית של אגואיזם וחוסר אמון בערכים ובחברים, מתמרצת חתרנות ותככנות, ומעודדת את חברי המטכ"ל להוציא את כל הרוע שבהם זה על זה".
"התגלה שמצב המטכ"ל עגום. שר הביטחון בסכסוך עמוק עם הרמטכ"ל. יחסי הרמטכ"ל ואלוף פיקוד הדרום רעים. האלופים מוציאים דיבה זה על זה, ובשיחות אישיות מביעים חוסר אמון בעמיתיהם. פרשנים מתקשים להאמין שבמערכת יחסים עכורה שכזו המטכ"ל מצליח לתפקד כראוי, ומעלים ספקות בדבר יכולתו של אשכנזי לבצע חפיפה מסודרת עם המועמד לרשת אותו", כותב הרב מלמד.
הרב מלמד אף קרא בדבריו להתפטרותו של שר הביטחון ברק, באומרו כי היה עליו לקחת אחריות אישית לאחר אירועי המשט לעזה, אשר עוררו ביקורות וגינויים מכל העולם. "אומרים ששר הביטחון שלנו הוא אדם מוכשר", כותב הרב מלמד, "אבל נראה שכבר שנים רבות הכישרון העיקרי שלו הוא לחמוק מאחריות תוך שהוא מגלגל אותה על כל שאר הסובבים, ויהיה המחיר אשר יהיה".
נוסף על הביקורת הנוקבת כלפי התנהלותו של שר הביטחון, מותח הרב מלמד ביקורת אף על התנהלותו של הרמטכ"ל היוצא, רא"ל גבי אשכנזי, באומרו כי בראייתו של אשכנזי, עם ישראל נתפס כחילוני. "מספר פעמים חזר והדגיש הרמטכ"ל שפקודת המפקד היא מעל מצוות התורה, ויצר אצל יהודים רבים ניכור כלפי הצבא. הוא לא היה מעז לומר זאת כלפי עמדות מצפוניות חילוניות".
הרב מלמד מסכם כי על פי סדר העדיפויות הצבאי, התורה וההלכה כלל אינן נחשבות. "מול העמדה הפמיניסטית צה"ל התקפל, ובניגוד לעמדתו המקורית הכניס חיילות ליחידות קרביות. מול ההומניזם המזויף של בג"ץ בעניין נוהל שכן צה"ל מתקפל ומסכן את החיילים. אבל כאשר מדובר בעמדות שמקורן בתורת ישראל, הרמטכ"ל הזדעק לקבוע שפקודות המפקד עומדות מעל המצפון התורני והלאומי", מוסיף הרב מלמד.