"השאלה אם הרב אליהו זצ"ל היה ציוני או חרדי, כלל איננה מתחילה והיא לא נכונה לכל רב ספרדי בתקופה ההיא", כך טוען רבה של צפת ובנו של הרב אליהו זצ"ל, הרב שמואל אליהו, במאמר שיתפרסם השבת בעלון "מעייני הישועה".
הרב שמואל אליהו מסביר כי הגישה ההלכתית והאידיאולוגית שאפיינה את חכמי ספרד בתקופתו של הרב אליהו ואף קודם לה, הייתה ביסודה ציונית, בניגוד לגישה שהייתה רווחת באותה תקופה בקרב הקהילה האשכנזית. "לא היה גדול תורה ספרדי אחד שחשב כי אסור לעלות לארץ ישראל או לבנות אותה. חכמי מרוקו, תוניס, עירק או סוריה לא החשיבו את שלושת השבועות כמניעה לעליה והתיישבות, כלל לא דנו בזה. זה היה כל כך פשוט אצלם שצריך לעלות לארץ ישראל ולישב אותה. ציונות לא הייתה אצלם שם נרדף להתפקרות והשכלה כמו בארצות אשכנז", כתב.
"כולם היו גם חרדים וגם ציונים, גם בעד בנין הארץ וגם בעד בנין התורה ולא ראו בזה שום סתירה כלל", קובע הרב שמואל, שמציין כי בקהילות הספרדיות "הראי"ה קוק זצ"ל לא היה חידוש גדול כמו בעולם האשכנזי", כיוון שציונות ואהבת תורה אפיינו את הספרדים באופן שגרתי ומקובל.
הרב שמואל מסביר כי תפיסת העולם של אביו אפשרה לו מחד להילחם בתקיפות נגד מה שמכונה על-ידו "גזירות החילון של בן גוריון וחבריו" ומאידך ללמוד את כתבי הרב קוק ללא כל סתירה. הדבר היה אפשרי, לדעתו, "מפני שהם שילבו בין אהבת עם ישראל ותורת ישראל, גם אם זה היה קשה. הם הכירו שיש תהליך גאולה בעם ישראל והשתדלו לקדם אותו בכל ליבם בכל מאודם ובכל נפשם".