כבר לפני חצי שנה, בעיצומו של המשבר בין ישיבת ההסדר הר ברכה לשר הביטחון ברק, הודיע ראש ישיבת ההסדר בערד הרב ינון אילני על כוונת ישיבתו לפרוש מאיגוד ישיבות ההסדר. ההודעה הזועמת שזכתה לסיקור תקשורתי מכובד נעשתה במחאה על ההחלטות שהתקבלו בכינוס ראשי הישיבות שהתקיים בעיצומו של המשבר. הרב אילני דרש אז שראשי הישיבות יבהירו לשר הביטחון באופן ברור שהצבא כפוף לרבנים ושיוענק גיבוי מוחלט לחיילים שהפגינו במהלך טקס השבעתם. הוא עצמו לא נכח בכינוס, אך מאחר שההחלטות שהתקבלו בו לא היו לרצונו, הוא הודיע על התנתקות חד צדדית של ישיבתו ממסלול ההסדר.
ישיבת ערד הוגדרה תמיד כישיבה גבוהה אבל לתלמידים בה ניתנה האפשרות לשרת בצבא במסלול של הסדר. בישיבה לומדים כיום, על פי עדותו של הרב אילני, שניים עשר תלמידים בלבד. שמונה מהתלמידים נמצאים לאחר שירות צבאי, שניים שטרם גויסו כבר אינם יכולים לשרת במסלול של הסדר בשל גילם המבוגר, ועוד שני תלמידים נמצאים במהלך שירותם הצבאי. במילים אחרות, להודעה הדרמאטית של הרב אילני כמעט ואין השלכות מעשיות. בשנה הבאה לא ייפתח בישיבת ערד שיעור א, כך שגם בעתיד הקרוב אין משמעות לפרישתה הרועמת של הישיבה מישיבות ההסדר.
כשהרב אילני יצא אז לכלי התקשורת עם ההודעה שלו, הוא קיבל במה כראש ישיבת הסדר חשובה, והתייחסות שווה כמו לכל ראש ישיבת הסדר אחרת באיגוד. יש משהו מעוות בכך שרב שיש לו שניים עשר תלמידים שעשרה מתוכם אינם נמצאים במסלול של הסדר, יוצא נגד החלטות שהתקבלו על ידי רבנים שעומדים בראשות ישיבות ותיקות שלומדים בהן מאות תלמידים. יכול מאוד להיות שהפרישה המתוקשרת, וכעת גם הממוחזרת, נועדה בעיקר כדי להביא לידיעתנו שיש ישיבה בערד.