מסעות בני עקיבא, המתקיימים מידי שנה בפסח ובסוכות, הם מהמפעלים הבולטים ביותר של התנועה ומשתתפים בהם רבים מחניכי התנועה. מסעות אלו נערכים מאז ומתמיד במתכונת מעורבת של בנים ובנות. פסיקתו של הרב שמואל אליהו כאמור מתקשה להתישב עם נוהג זה.
"אני בהחלט חושב שפעילות מעורבת היא לא רצויה" הסביר לכיפה הרב שמואל אליהו. "דעתי אמנם לא ממש נחשבת כי אני לא יכול להכתיב מה לעשות, אבל זוהי גם דעת ה"שולחן ערוך" וכל הפוסקים המקובלים. אני חושב שכדאי מאוד להימנע מתערובת של בנים ובנות יחד. במערכת החינוך ישנה הפרדה ואין שום סיבה שמה שאסור בבוקר יהיה מותר אחרי הצהריים" הרב שמואל הדגיש כמובן כי דבריו אינם עומדים בסתירה לאהבה הגדולה שהוא רוחש לבני עקיבא. אך הוסיף "כמו שצריך לקיים את ההלכה בענייני תפילין כך צריך גם בצניעות. אם אנחנו מאמינים שכל ההדרכות של הקב"ה טובות לנו אז גם זה טוב לנו".
בתנועת בני עקיבא רואים את הדברים באור שונה. לדבריהם המסעות והמחנות של התנועה הם המגבשים את התנועה והופכים אותה לתנועה המחברת את כל קצוות הציונות הדתית. בשיחה עם כיפה הדגישו בתנועה כי במליאת בני עקיבא חברים רבנים גדולים וחשובים כמו הרב דרוקמן, הרב יעקב אריאל, הרב צפניה דרורי ורבנים נוספים המעורבים ומנחים את התנועה גם מההיבט ההלכתי.
"הרב שמואל אליהו השתתף פעמים רבות במפעלי התנועה השונים, לשיחות וברכות, בעלייה לביריה ובמחנות הקיץ בעין זיתים" ביקשו להזכיר בתנועה.