אלא שברשימת בתי הספר המובילים בציוני הבגרויות בתנ"ך, ברמת חמש יחידות בגרות, נכלל רק בית ספר דתי אחד. את יתר המקומות ברשימה תופסים דווקא בתי הספר החילוניים.
בניתוח שערך משרד החינוך נבדק ממוצע תוצאות בחינות הבגרות בכל בתי הספר בארץ. למקום הראשון הגיעה הגימנסיה העברית בירושלים עם ממוצע ציונים של 89, למקום השני הגיע בית הספר "פלך" לבנות בירושלים והוא בית הספר הדתי היחיד שהצליח להיכנס לרשימה היוקרתית.
הבגרות בתנ"ך ידועה כאחת הבגרויות הקשות בתוכנית הלימודים של משרד החינוך זאת בשל כמות החומר הגדולה שהתלמידים נדרשים לשנן ולדעת. ויתכן וזו גם הסיבה מדוע אף בית ספר ברשימה לא הצליח להשיג ממוצע גבוה מ-90, בעוד שבמקצועות אחרים הממוצע גבוה בהרבה. אך עדיין אין זה מסביר מדוע כיצד דווקא בתי הספר הדתיים , שהיו אמורים להוביל את הרשימה, נדחקו הרחק מאחור.
בשיחה לכיפה מנסה הרב יהודה פליקס, מנהל מחלקת החינוך במרכז ישיבות בני עקיבא, את הנתונים הקשים: "הנתונים כפי שהוצגו מעוותים מכיוון שלימודי התנ"ך בבתי הספר הדתיים שונה לגמרי מלימודי התנ"ך בבתי הספר החילוניים וההשוואה ביניהם אינה נכונה. הדבר דומה להשוואה בין ציוני ספרות לפיזיקה שהם מקצועות לימוד שונים לגמרי. מרכז ישיבות בני עקיבא יחד עם שאר בתי הספר הדתיים ובשיתוף ראש חמ"ד החדש אברהם ליפשיץ סיכמו ביניהם כי יש לבחון כיצד להביא לשיפור בלימודי תנ"ך."קליטה עליה, פנימיות ואוכלוסיות רווחה, אהבת הארץ ומורשת ישראל".