בעקבות פרסום תשובתו ההלכתית של הרב ברוך אפרתי בכיפה, אשר קבעה כי על כהנים להימנע מלהיכנס אל מוזיאון ישראל בשל חשש להימצאות עצמות אדם בכל רחבי המוזיאון, מבהירים במוזיאון ישראל כי הכניסה לכהנים - מותרת.
הנהלת המוזיאון מבהירה אפוא כי במוזיאון אינם מוצגים עצמות אדם ממש, אלא "ארבעה קאסטים (אלה אינם העתקים או רפליקות אלא יציקות מהמקור) של שלדים של אנשים פרהיסטוריים שחיו באזורנו".
על פי הודעת ההנהלה ובדומה לרוב המוזיאונים בעולם "השלדים הפרהיסטוריים וההיסטוריים מועברים אל מרכזיים מדעיים שבהם הם נחקרים ומוחזקים כחלק מאוסף מדעי. בארץ הם נשמרים באוספים פלאואנתרופולוגיים של המחלקה לאנטומיה באוניברסיטת תל- אביב, והאחראיים לו הם מומחי הפלאואנתרופולוגיה במחלקה זו". במוזיאון טוענים כי "הדבר נועד כדי לכבד את אבות-אבותיה הקדומים של האנושות ואבותיהם של קבוצות ילידיות בנות זמננו, וגם כדי לאפשר מחקר בכל עת".
באגף הארכיאולוגיה של מוזיאון ישראל מוצגים כ-6000 חפצים והעתקים בודדים של חפצים שנלקחו מהארץ למוזיאונים בחו"ל עוד לפני הקמת המדינה. "אנו מציגים יציקות מהחפצים המקוריים שהוכנו על ידי מעבדות השימור במוזיאונים אלה", מסבירים במוזיאון.
בעקבות הדברים מבהיר הרב ברוך אפרתי כי "לאחר שהובטח לי כי אין עצמו אדם בכל מוזיאון ישראל באגפיו השונים,כולל העצמות שבגלוסקמות, והמידע שנאמר לי בדבר הימצאות עצמות אדם במוזיאון, לפני כמה ימים, היה טעות של המוזיאון - לפיכך אין כל בעיית כניסה לכהנים אל המוזיאון".