כזכור, מנהל הישיבה, איתמר פוזן, גילה הבוקר כי בין אנשי הישיבה למנהל האגף למוסדות תורניים במשרד החינוך עמוס ציידה, והיועץ המשפטי של האגף, גור רוזנבלט, התקיימו מגעים אשר במהלכם אמר רוזנבלט כי מאחורי עצירת התקציב לישיבה עומד המשנה לפרקליט המדינה שי ניצן, וכי התקציב לא יאושר מחדש כל עוד הישיבה משלמת משכורת למחברי הספר "תורת המלך".
אלא שבמשרד החינוך טוענים בתגובה לכיפה כי "הפסקת התמיכה בישיבה הגבוהה "עוד יוסף חי" ביצהר נעשתה על רקע בקורות שבוצעו במוסד". לטענת המשרד, בביקורות פתע שערכו בישיבה נמצא מספר תלמידים נמוך ביחס למה שדווח למשרד החינוך על ידי הישיבה.
כמו כן טוענים במשרד כי הישיבה לא אפשרה למבקרים מטעם משרד החינוך להיכנס לישיבה לצורך בקורות חוזרות. "יודגש, כי עמותת "עוד יוסף חי" פנתה במכתב למשרד החינוך, עוד בתחילת נובמבר 2010, ובו הודיעה כי, הועד המנהל של העמותה החליט כי יו"ר העמותה, הרב יצחק שפירא, יוחלף", מוסיפים במשרד החינוך.
בישיבת "עוד יוסף חי" מכחישים את הדברים וממשיכים לטעון, גם באתר הרשמי של הישיבה, כי הפסקת העברת הכספים ממשרד החינוך נעשתה על רקע התנכלות לישיבה וראשיה של המשנה לפרקליט המדינה, עו"ד שי ניצן, ולא על רקע אי עמידתה בביקורת.
"מה שהחל במעצר שווא של שפירא ממשיך כעת בעצירה שרירותית ובלתי חוקית של התקציבים. מסתבר שמעורבות הישיבה ובוגריה בעשייה ובאמירה הציבורית היא לצנינים בעיני אנשים מסוימים המנסים לפעול במסווה חוקי כדי לעצור אותנו", נכתב באתר הישיבה.