בכנס שערכה המכללה השתתפו בנושא יו"ר ארגון רבני צהר, הרב דוד סתיו, ודיקן המכללה, ד"ר אביעד הכהן. במהלך הדיון הטיח הרב אליהו ביקורת נוקבת ברבנים אשר התנגדו למכתב הרבנים, באומרו כי "יש לי ביקורת על התנהלותם. זכותם לחלוק, אך הם מחלישים את המאבק, זאת במקום לתקן פסיק פה ופסיק שם בניסוח".
הרב אליהו הוסיף ואמר כי המאבק שהשתקף במכתב הרבנים איננו הלכתי בלבד, אלא ציבורי וציוני. "כל מי שחושב שציונות היא לא גזענות צריך להילחם על כך", טען הרב אליהו אשר טען כנגד המתייחסים אל המסתננים או הערבים כאל "גר תושב" כי לא מדובר על מציאות בה "הערבים מרגישים כאן בעלי הבית". כמו כן אמר כי מי שמצטט בהקשר הזה את הפסוק "ואהבת את הגר" אינם אלא "בורים", שהרי "אין זה נאמר על כל סודני ועל כל מסתנן".
מנגד, יו"ר ארגון רבני צהר, הרב דוד סתיו, אמר כי "בעיות לאומיות כמו ההתיישבות היהודית בנגב או בגליל, אי אפשר לפתור בפסק הלכתי". הוא טען בהקשר הזה כי "אם מאבק הרבנים היה משתלב בתוך תהליך לאומי לייהוד הגליל או הנגב, שלדעתי יש להתיישב שם כדי להציל את הריבונות הישראלית במקום, המאבק היה נכון. אלא שלצערי, הוא עשה בדיוק את ההפך והשיג אותנו לאחור".
עוד טען הרב סתיו בכנס כי התוצאה המעשית של מכתב הרבנים הביאה למציאות בה יהיה הרבה יותר קשה לעיריות בפרט ולמדינה בכלל לפעול למען ייהוד המקומות הללו ולמען ההתיישבות היהודית.