בתי הספר תוקצבו עד כה על ידי שיטת הניקוד, שיטה שהקשתה על תקצוב הלימודים והביאה בעיקר לנטל תשלומי ההורים. מנהלי בתי הספר, למעשה, נאלצו לפעול ללא לאות על מנת להשיג מלא לכלל לימודי הקודש ובתוכם גם ללימודים רשמיים עבור בחינות הבגרות במקצועות הללו. כעת, כאמור, לאחר מאמץ מרוכז של העומד בראש החמ"ד ד"ר אברהם ליפשיץ, ושר החינוך, נמצא לנושא פתרון מוסדר.
על פי השיטה החדשה יתווספו עוד שעות לימוד למקצועות הקודש בחטיבת הביניים, בבסיס התקציב של משרד החינוך. בחטיבה העליונה, רוב התקציב ישולם על בסיס כמה יחידות בגרות המוסד מגיש. המדינה תתגבר את המוסדות, לראשונה, על פי סך יחידות הלימוד להם ניגש המוסד.
"השיטה החדשה יוצרת תפוקה פדגוגית. מהותית, יש כאן עניין של "להגדיל תורה", שהרי התקצוב מקביל לסך יחידות הלימוד", מסביר בשיחה עם כיפה שמוליק ביבר, סמנכ"ל מרכז ישיבות בני עקיבא אשר מציין כי "השיטה אף עושה חלוקה צודקת יותר בין המוסדות: יותר למוסדות התורניים, קצת פחות למוסדות התיכוניים".
"חשוב להבהיר כי אין תוספת תקציב ללימודי היהדות, אלא רק שינוי בשיטת התקצוב. למעשה, לא יהיה שינוי בתשלומי ההורים", מציין ביבר. לדבריו, שינוי התקציב הינו שינוי משמעותי וחיובי אך מהווה רק צעד ראשון בדרך המלך לשיפור היחס והתקציבים למגזר הדתי במערכת החינוך.
ישראל גולדברג העומד בראש "ועד ההורים למען החינוך בישראל", ציין בעקבות שיטת התקצוב החדשה כי "מדובר ביוזמה מבורכת, ובהחלטה חשובה של משרד, החינוך. לא ייתכן שדווקא נושא תקצוב לימודי הקודש, לא יהיה מוסדר, ובטח לא שהעול הכלכלי ייפול על ההורים. אנו מברכים את שר החינוך ואת ראשי החמ"ד על קבלת ההחלטה החשובה הזו".