שני חברים נוספים בוועדה המיוחדת שמינתה הרבנות הראשית לבחינת הגיורים בצה"ל, הרב רצון ערוסי והרב יעקב רוזה, הודיעו אמש (ג) על התפטרותם. השניים מצטרפים בכך להחלטתו של הרב יהודה דרעי, אב בית הדין בבאר שבע, אשר הודיע כבר לפני מספר ימים על התפטרותו מראשות הוועדה, זאת כי לטענתו אין לה סמכויות.
לאור התפטרותם של שלושת הרבנים הנחשבים לדיינים הבכירים יותר בוועדה, ספק אם זו תצליח לממש את תפקידה ולהתחיל בבחינת הנושא. הרבנים הפורשים ציינו כי אמנם ישנו צורך אמיתי בקיומה של בדיקה יסודית לנושא, אך הוועדה חסרת כל סמכות ואף לא קדמה לה כל עבודת הכנה שתאפשר את מילוי תפקידה.
כזכור, ביום חמישי האחרון התכנסה מועצת הרבנות הראשית על מנת לדון בתוקף גיורי צה"ל ובתום הדיון החליטה להקים ועדת בדיקה מיוחדת אשר תבדוק את הנושא בתקופה הקרובה. ועדת הבדיקה המיוחדת התבקשה להגיש את מסקנותיה בעוד כארבעה חודשים לרב הראשי לישראל, הרב שלמה עמאר ולרב הצבאי הראשי, תא"ל הרב רפי פרץ.
החלטת הרבנות עוררה סערה פוליטית וציבורית. ארגון רבני צהר מסר בעקבותיה כי "החלטת מועצת הרבנות גורמת לאלפי יהודים כשרים כדת וכדין סבל רב ולחיות במתח עד שיידעו מה מצבם החוקי והדתי. החלטה זו עומדת בסתירה לציווי בתורתנו הקדושה לא לצער את הגר. מהלך זה יגרום לנדבך נוסף לניתוקה של הרבנות הראשית מהציבור ויגרום לגופים אלטרנטיוויים ורפורמיים להיכנס לציבוריות הישראלית במקומה". גם ח"כ חיים אמסלם מתח ביקורת על ההחלטה, באומרו כי מדובר ב"גלגול תפוח האדמה הלוהט למספר חודשים נוספים, והמשך הבלבול בציבור סביב הגיורים. מה יהיה על אלפי הגיורים שכבר נעשו?".