לאחר התפוצצות פרשת הרב מלמד וישיבות ההסדר בוחר הרב שרלו להפסיק את שתיקתו ולפרסם מכתב המתאר את השקפותיו בנושא לתלמידיו.
"עד עתה לא הבעתי בפניכם את עמדתי ביחס לפרשת הרב מלמד הי"ו. עשיתי זאת בשל רצון להנמיך להבות, ובשל מחשבתי כי טוב יותר שרבני ישיבות ההסדר יביעו עמדה משותפת ולא יעמיקו את המחלוקת. כעת אני מרגיש חופשי לפרוש בפניכם את תפיסת עולמי" פותח הרב שרלו בדבריו ומתאר את השקפותיו בנוגע לסוגיות הרבות שעלו לדיון מדיני והלכתי בשבועות האחרונים.
"הדיון אינו על השאלה האם מותר לרב מלמד או לכל רב אחר להביע את עמדתו באופן חופשי. לרב מלמד מותר להביע את עמדתו התורנית, ולדעתי חובה עליו לעשות זאת כחלק מ"לא תגורו", בדיוק כפי שמוטל על החולקים עליו לעשות זאת. על החרות של הרב מלמד הי"ו אנו חייבים להיאבק שכם אחד ולא להניח לשום פגיעה בנושא זה, אך למעשה הדבר מיותר, כיוון שלו הרב מלמד היה ראש ישיבה שאינה ישיבת הסדר לא היה בא אדם בטענות אליו ומבקש להשתיקו. חובה על כל אדם שוחר חופש ואמת להילחם על זכותו לומר אותם. ככל הידוע לי אין איש הסובר כי אסור לו להביע את עמדתו. הדיון הוא אחר לחלוטין"
הרב שרלו מרבה לעסוק בתפקידו של הציבור הדתי לאומי בבניינה של הארץ ובתפקידן של ישיבות ההסדר. "ישיבות ההסדר כרתו ברית רגישה מאוד עם הצבא, כאשר שני הצדדים ויתרו על הרבה מעקרונות היסוד שלהם, כדרכה של ברית זוגיות. זהו סוג של אמנה הדדית, הקיימת כבר למעלה מארבעים שנה, בהצלחה כבירה, בקידוש שם שמיים ובקיום מצוות התורה, כמו גם בהסכמה לאומית רחבה. אי-יציאה בצורה מפורשת וחד משמעית נגד הפגנות פוליטיות בצבא, חינוך לסירוב פקודה בנסיבות הכתובות לעיל גם כשמדובר במעגלים רחוקים יותר מעקירת יישובים, ביזוי קציני צה"ל בכתיבת דברים מכוערים עליהם - כל אלה אינם עומדים במבחן העדין של ישיבות ההסדר. כדי להסיר ספק אני מבקש להדגיש כי אני מחנך לעמדה זו למעלה מעשרים וחמש שנים - מיום שאני מלמד בישיבות הסדר".
"ארץ ישראל תישאר בידי עם ישראל רק אם עם ישראל ירצה בכך" קובע הרב שרלו, "ומספר הרוצים בארץ ישראל בדרך זו הולך ופוחת, וחורבנה הולך ומתקרב. המאבק נגד ההקפאה סובל גם הוא מכוח הסטת הדיון לשאלת ישיבות ההסדר. הדבר נכון גם ביחס לזהותה היהודית של המדינה, ולקשר בין עם ישראל לתורתו. ההכרזה כי "הקב"ה לפני המדינה" מפעימה כמה מאות ואלפים אולם דוחקת ומחייבת למעשה את כל האחרים הרואים חשיבות עצומה במדינת ישראל ובצבאה לברוח מזהות יהודית זו ומקשר עם ריבונו של עולם. אנחנו דוחפים במו ידינו את עם ישראל לתהומות איבוד רצונו להיות חלק מהברית עם ריבונו של עולם" הרב מציין כי "מדינת ישראל עשתה עוולות הרבה יותר גדולות מאשר העקירה מגוש קטיף, ובעיקר בשנותיה הראשונות בשעה שהעבירה על דת את עולי צפון אפריקה. אף על פי כן, כרתנו עימה את הברית הזו, בשל נימוקים הלכתיים ורוחניים רבים, שאותם אנו לומדים זה עשרות בשנים. שני הצדדים קיבלו עליהם את העמדה שלא למתוח את החבל - המדינה מנסה בכל כוחה שלא לכפות על אנשי אמונה לנהוג בדרכים המנוגדות לאמונתם, ומצליחה באופן חלקי אם כי לא מלא. לא ניתן לקיים את מדינת ישראל בלי שאנו מקבלים על עצמנו את כללי המחלוקת והדיון שבה. זהו גם פיקוח נפש לאומי אם הדיון יעבור למאבק כוחני ברחובות ולא במוסדות ההכרעה של המדינה".
הרב שרלו לא חוסך ביקורת מהמדינה או מהשר אהוד ברק אמנם מדגיש כי לא זה העניין המרכזי.
"הכלי השלטוני צריך להיות המשטרה ולא הצבא. אני מבקש להדגיש כי תהיה זו טיפשות מצד שלטונות המדינה אם אכן ימשיכו להטיל את החובה הזו על הצבא, ומבחינה אזרחית הדבר הנכון הוא להטיל את זה על המשטרה, אם יש צורך בהפעלת כוח - יהי רצון שלא".
"כדי להסיר ספק אדגיש כי אין בפי מילה טובה אחת לומר כלפי שר הביטחון בהתנהלותו בנושאים אלה, ואינני רואה בו דמות מוסרית וערכית. הבעיה היותר חריפה היא שאין לי כל ספק שהוא לא יפעל באותה דרך למניעת שליחת חיילים וקצינים תוך כדי שרות פעיל למרצים אנטי ציונים ואנטי צבאיים, הקוראים לא פחות לסירוב פקודה ואף יממן אותם באותה צורה. אני מבקש להדגיש בהקשר זה כי איני רוצה להשתמש בטיעון הזה, שכן דרך לכתחילה אינה בנויה על השוואתנו לגרועים שבבני האדם הפועלים נגד עמם ואומתם, אלא על ידי מה שצריך להיות לכתחילה על פי היושר, ההלכה והאמת. מעבר לכך, איני מבין מי התיר לנו לבזות את שר הביטחון - האם זו דרכה של ההלכה? האם ברק גרוע מאחאב שאליהו הנביא רץ לפניו ? האם אי-כיבוד השלטון אינו שימת התחושות האישיות של העלבון לפני ההלכה? נכון אפוא היה לסרב לבוא "לשימוע" אולם סירוב זה המלווה בביזוי אסור על פי ההלכה".
הרב שרלו מסכם בעצב את התרחקותו של הציבור הדתי-לאומי משליחותו האמיתית-לאהב שם שמיים על הבריות. "מכתב זה נכתב גם בשל העובדה שאנחנו הולכים ומתרחקים משליחות זו , ולא רק בתחומי ארץ ישראל אלא גם בתחומים רבים אחרים הנוגעים לזהותה היהודית של מדינת ישראל. זו הסיבה שאי אפשר עוד לשתוק, והרוצה להעצים יסודות אלה בתורת ישראל חייב לבחון באיזו דרך עושים זאת. האם אנו מקדשים שם שמיים או מחללים אותו?"
המכתב המלא מתפרסם באתר ישיבת פתח תקוה