עברו רק יומיים מאז התקבלה ההחלטה על הוצאתה של ישיבת הר ברכה מההסדר הצבאי ונראה כי בהנהגת הימין ישנו חוסר אונים גדול בנוגע לדילמה כיצד לפעול בהמשך. למרות תמימות הדעים עם התפוצצות הפרשה, כיום נראה כי התמיכה האוטומטית ברב אליעזר מלמד הולכת ונעלמת.
בעקבות אי הוודאות, יזמו חברי תנועת "נאמני תורה ועבודה" הצעת פשרה בסוגיה שנועדה לפתור אירועים מסוג זה בעתיד. את הצעת הפשרה הפנתה התנועה במכתב לשר הביטחון, אהוד ברק, ולרב חיים דרוקמן. התנועה הציעה להקים בית דין משמעתי, בתיאום עם משרד הביטחון, אשר יבחן טענות נגד ישיבות בסוגיות שונות, ויהיה מוסמך להוציא ישיבות מתוך ההסדר.
"שר הביטחון פעל מתוך הואקום הקיים, בו אין גורם המוסמך לטפל בחריגות בתוך הישיבות", טוענים בתנועה, והוסיפו כי הקמת פורום כזה תהיה התשובה לבעיה המקומית ולבעיות אפשריות אשר יתעוררו בעתיד. גוף כזה, אזרחי ביסודו, יוסמך לאכוף את דרישתו של הרב חיים דרוקמן- "לאמץ עמדה אחידה כי אין מקום לשום הפגנות בצבא".
"דומה כי אין כלל ויכוח בין הנהלת איגוד הישיבות לבין שר הביטחון. השאלה היא כיצד לאכוף עמדה זו. בהיעדר גורם המוסמך לחייב את ראשי הישיבות באחריות אותה התווה הרב דרוקמן, נאלץ שר הביטחון לפעול כנגד גורמים המבקשים לפגוע בכוחו של צה"ל" נכתב במכתב.
"אנו מציעים להסמיך את איגוד ישיבות ההסדר להוציא ממסגרתו גורמים אשר יקעקעו את היסודות עליהם מושתת ההסדר בין הישיבות לצה"ל. הסדר אשר כולנו חפצים ביקרו. בית-דין פנימי של הישיבות יוסמך לאכוף עקרונות יסוד אלו".
על פי הצעת התנועה בראשות בית-הדין המשמעתי יעמדו הרבנים: אריאל, דרוקמן וליכטנשטיין, הנחשבים היום כמנהיגים הרוחניים הבכירים של הציבור הדתי.
"זהו משבר מיותר לגמרי, שהיה אפשר בקלות לפתור אותו בפשרה" אמר לכיפה הרב חיים נבון בתגובה להחלטתו של שר הביטחון. "אבל אני מקבל את הרושם שגם אהוד ברק וגם הרב מלמד לא היו מעוניינים בפתרון, וחתרו בכל הכוח לעימות. כך הרב מלמד הפך את ברק לגיבור מורדי העבודה, וברק הפך את הרב מלמד לגיבור הימין הקיצוני. בסופו של דבר כולם הרוויחו מהעימות הזה, חוץ מעם ישראל. על אהוד ברק אני לא מתפלא, אבל את הרב מלמד קשה לי להבין".