לראשונה בתולדות המדינה, ביטל שר הביטחון את ההסדר עם ישיבת הסדר-ישיבת "הר ברכה" זאת לאחר שהרב מלמד סירב להגיע לשימוע שנקבע לו במשרד שר הביטחון.
ההחלטה התקבלה לאחר מאבקים ממושכים בין צמרת הצבא והביטחון לבין הרב אליעזר מלמד, ראש ישיבת הר-ברכה, המטיף לדבריהם לסרבנות צבאית. האולטימאטום שהציב שר הביטחון הסתיים אמש, כאשר הרב סירב להגיע לשימוע שנקבע לו בטענה שהוא "אינו עובד אצל שר הביטחון" וכי נודע לו על השימוע רק שעות ספורות לפני קיומו. בנוסף, מאשים הרב מלמד את שר הביטחון ברדיפה פוליטית זאת לאור העובדה שרק חייל אחד מישיבתו השתתף בהנפת השלטים כנגד פינוי ישובים, וכי הוא פירסם בעבר בעיתון "בשבע" טור היוצא נגד סירוב פקודה.
ההחלטה על ביטול ההסדר עם הישיבה גררה תגובות נזעמות גם בקרב חוגים שאינם מזוהים כלל עם תפיסתו של הרב. אחת היוזמות שעלו לאחרונה כנגד המהלך של שר הביטחון היא לנסות ולדחות את גיוסם הקרוב של בני הישיבות בשני המחזורים הקרובים. פעילים יעברו בישיבות וישכנעו את התלמידים לעזוב את מסלול ההסדר, ולדחות את גיוסם עד להתבהרות התמונה.
בנוסף, הודיע הרב שמואל אליהו כי ייזום כינוס דחוף של מועצת הרבנות הראשית וכי בכוונתו לגייס את כל הרבנים בארץ כנגד הכוונה של ברק להתערב בעצמאות של הישיבות.
יו"ר הבית היהודי, השר דניאל הרשקוביץ הודיעו גם הוא כי הוא מתכוון ליזום שיחה בנושא עם שר הביטחון. "חוסר ההידברות בין שר הביטחון, אהוד ברק, לראש ישיבת הר ברכה, הרב אליעזר מלמד, עלול להמיט אסון" אמר השר. "אשוחח עם השר ברק ואנסה לשנות את החלטתו, ההופכת את הרב מלמד לקדוש מעונה ומעניקה פרס דווקא לתומכים בתופעה המסוכנת של הסרבנות". בארגון ישיבות ההסדר חוששים כי דווקא ביטול ההסדר יחזק את הישיבה ואת התומכים בסרבנות.
ארגוני ימין רבים מביעים את תמיכתם הבלתי מעורערת ברב מלמד. נחי אייל מנכ"ל הפורום המשפטי למען א"י אמר הבוקר: "הפגיעה בישיבת הר ברכה היא מעשה אנטי דמוקרטי של שר שמצפצף על החוק כשזה נוגע לעצמו ומחמיר כשמדובר ביריבים פוליטיים. זהו שימוש לרעה בסמכות. ואסור לשר לעשות שימוש בסמכותו כדי לכפות עמדות פוליטיות על רבנים. זהו צעד שיביא למחלוקת בעם ויפגע בצה"ל".
בתנועת קוממיות בחרו להשוות את האירוע לסיפור החג "תנועת קוממיות מחזקת את ידי הרב אליעזר מלמד שליט"א בעמידתו איתן על עקרונות קודשנו כחשמונאים זקופי הקומה כנגד המתייוונים שפרצו פרצות בקודשי ישראל.שר הביטחון וראש הממשלה הממונה עליו, פוגעים בדמוקרטיה ומנסים להכריז מלחמה כנגד הציבור הנאמן ביותר לעמו ולארצו".
בישיבת הר ברכה לומדים כיום כמאה ושישים בחורים. כמאה במסלול "הסדר" ושישים בשאר התוכניות. הישיבה קיימת כ-18 שנה וכמאה וחמישים מבוגריה התחתנו וקבעו את ביתם ביישוב "הר ברכה". אחד מבוגרי הישיבה שהתפרסם הוא קצין הצנחנים דוד שפירא שהרג את המחבל שחדר לישיבת מרכז הרב.