רבים רגילים לראות ברב יונה מצגר דמות אפורה, אבל הנאום אותו נשא הרב הראשי האשכנזי בפני האפיפיור היה שונה לגמרי. במסגרת המפגש שנערך בבית הכנסת הגדול בין ראשי שתי הדתות, נשא הרב מצגר דברים תקיפים, גם אם אלו נאמרו ברוח עדינה.
כנראה ולנאומו המאכזב אותו נשא האפיפיור ב"יד ושם" בו לא הביע צער על רציחתם של 6 מיליון יהודים הייתה השפעה על הרב מצגר שציין מפורשות בנאומו את הבקשה שפרסם בעבר, לפיה על הכנסייה לפעול בשקיפות וליידע את אלפי הילדים שנמסרו למשמר בכנסיות ברחבי אירופה בזמן תקופת השואה, את עובדת היותם בנים לעם היהודי. "אותם ילדים שרדו הודות לכנסייה", אמר הרב מצגר ומהר להוסיף "אבל חוסר שקיפות בנושא כל כך רגיש תסייע להשגת מטרתם של הנאצים, שביקשו להעלים את עמי - העם היהודי".
הרב מצגר ביקש מהאפיפיור להכריז על "על יום קבוע בו ידברו לא רק נגד אנטישמיות אלא באופן חיובי על עמנו. להחליף לשון מקללת בלשון מברכת", בדבריו הודה הרב מצגר לאפיפיור על החלטת הכנסייה להפסיק לפעול באופן מיסיונרי כלפי יהודים באשר הם.
שלום בין הדתות
הרב שלמה עמאר העדיף לשמור את בקשותיו מהאפיפיור לפגישה המצומצמת שנערכה בין השניים, ואת נאומו הקדיש הראשון לציון לתקומתו של עם ישראל בארצו "עם ישראל חי וקיים", אמר הרב עמאר.
בנדיקטוס ה-16, מצידו, הקדיש את נאומו לנושא השלום בין הדתות "היום אני מתייצב כאן ואומר שיש לוותיקן מחויבות מלאה למטרה שהוצהרה לשלום מלא ותמידי בין הנצרות ליהדות".
האפיפיור הדגיש כי בישראל יש לנוצרים אפשרות לדיאלוג, וכי הקשר בין הכס הקדוש לרבנות הראשית קיים ועומד. "אני מתפלל שאלוהים ימשיך להנחות אותנו שנמשיך לאהוב אותו בכל לבבנו ולאהוב גם את שכנינו", סיים האפיפיור.
הוכחה נוספת לחוסר הרגישות אותו מפגינה הכנסייה כלפי העם היהודי ניתנה בסיום המפגש, כאשר האפיפיור הגיש בשם הכנסייה תשורה לרבנים הראשיים בדמות צילומים של קבצים עתיקים שנכתבו על ידי רבנים ונמצאים כיום במרתפי הכנסייה. עם זאת, יש לציין כי משלחת הוותיקן הראתה תקינות פוליטית כשהביאה איתה קבצים הן מרבנים ספרדים והן מרבנים אשכנזים בכדי למנוע אפליה.