לאחר שהרב ניר בן ארצי ומקורביו מסרו את גרסתם לסיפור החטיפה, מוסרים ראשי עמותת "תלמי גאולת עם ישראל" את הסיפור מנקודת המבט שלהם. בראיון שפורסם השבת בעיתון מקור ראשון, טען הרב שמואל שוקרון כי הרב ניר התרחק ממשפחתו ומקהילתו בעקבות בעיה נפשית משמעותית שסבל ממנה, אותה תיאר בעשרות עמודים שכתב כאמצעי תרפויטי. לטענתו, נשאר בן ארצי מרוחק ממשפחתו במשך שלוש שנים מתוך בחירה מלאה, וחזר ליישוב על אף שלא הצליח להתגבר על הבעיה הנפשית ממנה סבל. ראשי העמותה, שביקשו "להגן על הציבור", הרחיקו ממנו בהסכמתו את הקהל. לאחר שגילו את העמודים שכתב, בהם הוא מתאר מעשים חמורים לכאורה, החליטו להעביר את הטיפול לגורמים מקצועיים. לדברי הרב שוקרון, בידודו של הרב בן ארצי נעשה מתוך אחריות, לאחר שהבינו את חומרת מחלתו.
במכתב התביעה, שנשלח לידי משפחת בן ארצי והגיע לידי כיפה, מאשימה העמותה את הרב בן ארצי בהוצאת דיבה ולשון הרע, ודורשת ממנו פיצויים על סך 2,500,500 ₪ בטרם פנייה לערכאות המשפטיות. עוד תובעים ממנו ארבעת אנשי העמותה לפנות את כל מבני העמותה הנמצאים ברשותו, להתנצל בצורה פומבית בפני הציבור על הדברים שהפיץ כנגד ראשי העמותה, ולהודיע אילו דיינים מקובלים עליו בתור הרכב בית הדין הרבני שידון בסכסוך.
במכתב, שנשלח על ידי משרד עורכי הדין דרור ברוטפלד ושות, ציינו התובעים כי היציאה לשלוש השנים בטבריה נעשתה מתוך רצון משותף לבצע מהפך נפשי-רוחני: "בהחלטה משותפת ואמיצה, התנתקת מרצונך מביתך וממשפחתך ועברת להתגורר בטבריה במטרה ללבן בינך לבין עצמך את הבעיה הקשה עימה התמודדת, וזאת בשל טענתך, כי הריחוק מהציבור יקטין את הבעיה ממנה אתה סובל, וכך התוכן הרוחני בחייך יגדל ויתפוס מקום רב יותר עד לפתרון הבעיה באופן מוחלט". שלוש השנים, לדברי התובעים, לא הועילו, ולאחר שחזר בן ארצי למושב, נחשפו הדפים בהם תיאר את מעשיו: "עלה החשד, כי ביצעת מעשים חמורים, ואף חשודים פליליים, הנובעים כולם כתוצאה מהבעיה הקשה ממנה אתה סובל. חמור מכך, מאותם כתבי יד שרשמת עלה ברורות, כי עולם החומר והגוף משתלט עליך ומרחיק ממך את עולם הרוח העומד בבסיס אותם ערכים שעליהם תלויה ועומדת העמותה ומוסדותיה". הפרשה התפוצצה, לדברי התובעים, לאחר שבן ארצי השתלט בכוח הזרוע על מבנים השייכים לעמותה, וכדי לגבות את מעשיו, הפיץ את סיפור החטיפה - "מצאת לנכון להמציא סיפור דמיוני והזוי לחלוטין בדבר חטיפה כביכול שלך ואחזקתך על ידי מרשיי ו/או מי מהם כאסור בחדר בטבריה, ואף הוספת כנגד מרשיי האשמות קשות וחמורות של סחיטה באיומים ו/או בדרכים אחרות.
הרב שמואל אליהו: אסור להאמין לאף אחד
הרב שמואל אליהו, המקורב לסיפור, אומר בשיחה לכיפה כי חל איסור על הציבור להאמין לאחת הגרסאות, בטרם יוברר הדבר באופן סופי: "אסור לשום אדם לומר לשון הרע על שום אחד מהצדדים. אין בזה שום היתר לדבר, לרמוז או לקרוץ שמאמין לזה או לזה. צריך לעשות בירור רציני, ועל זה הציע הרב מרדכי אליהו לשני הצדדים, להקים בית דין שמוסכם עליהם. ישמעו בית הדין ויכריעו. לנו, כאנשים שלא מכירים את פרטי הדברים, אסור להתרשם מדבריו של עיתונאי זה או אחר. במקרה שיש הבעת דעה עיתונאית, לפי דעתי גם לקרוא אסור. זה לשון הרע. ראיתי את עיתון מקור ראשון שהביא את שני הצדדים, אבל כתב את זה בנימה מסוימת, שבסוף אתה מאמין לאחד מהצדדים.
"באופן כללי, חשוב לברוח מכל דבר מחלוקת עד הסוף. אדם צריך להחליט שהוא לא נכנס לרכילות ולשון הרע. אחד מהצדדים הרי משקר, אז למה לשמוע? זה עניינך? ליהנות מהבוץ?
"חשוב שתצהירו באתר כי למרות הרייטינג הגדול שבסיפור, אתם, כאתר דתי, לא מביעים דעה אישית כי זה מצריך בדיקה רצינית של בית דין, לא בדיקה של כתב שיושב על זה חצי שעה. על כל פנים, לקורא אסור להאמין לאף גרסה עד שיישב על זה בית דין או רב גדול שעשה בדיקה של שני הצדדים".