שתים הן הסיבות לקריאת "מפטיר יונה" בתפילת מנחה ביום הכיפורים: א. כדי ללמד לבני אדם שאין יכולים לברוח מלפני ה' (אבודרהם) ב. להודיע שהשם יתברך מוחל וסולח לשבים כאמור בנינוה.
ועל בריחתו של יונה שואל האבן עזרא: "יש לתמוה איך יעלה על לב חכם שידע השם ומעשיו, שיחשוב לברוח מפניו והוא בידו והכל מלא כבודו, ואיך יתנבא מורה פי השם?" והרחיב שאלה זו הרד"ק: "ואיך יהיה יכול לברוח ודוד אמר "אנה מפניך אברח"? אלא אין "מלפני" כמו מפני, כי הנביא היה מלא חכמה ודעת ואיך היה חושב לברוח מפני ה'. אלא מלפני ה' היה חושב כי פי' מלפני מדבר שהוא לפני ה' והוא רוח הנבואה. כי חשב שאם יצא מארץ ישראל לחוצה לארץ לא תשרה עליו רוח נבואה והיה ממאן ללכת בזה השליחות, כי אמר יונה: הגויים קרובים לתשובה הם ואם אלך אליהם בשליחות האל יתברך, ישובו מדרכיהם הרעים ויחייבו ישראל בזה, שאני והנביאים אחרים הולכים אליהם תמיד בשליחות האל יתברך ואינם שבים מדרכם הרעה, לפיכך היה ממאן ללכת בשליחות זה. וכן פירשו רז"ל כי בעבור זה היה נמנע כי אמר אין השכינה שורה בחוצה לארץ, ובעבור שהגויים קרובי תשובה ושלא לחייב את ישראל ברח, אמר לו הקב"ה: יש לי כיוצא בך:"
עוד שאלה נשאלה על ההתנהלות שבספר יונה: האם הטלת יונה אל הים להצלת אנשי הספינה הייתה לפי ההלכה או לא? במסכת סנהדרין (עד ב) מובא: "נמנו וגמרו בעלית בית נתזה בלוד: כל עבירות שבתורה אם אומרין לאדם עבור ואל תיהרג - יעבור ואל ייהרג, חוץ מעבודה זרה וגילוי עריות ושפיכות דמים...(ושם שואלת הגמרא:) רוצח גופיה מנא לן? - (ומשיבה הגמרא:) סברא הוא...מי יימר דדמא דידך סומק טפי דילמא דמא דהוא גברא סומק טפי". ופרש"י : "מי יודע שיהא דמך חביב ונאה ליוצרך יותר מדם חברך, הלכך אין כאן לומר: 'וחי בהם - ולא שימות בהם' שלא התיר הכתוב אלא משום חביבות נפשם של ישראל להקב"ה, וכאן יש איבוד נפש חברו לא ניתן דבר המלך לדחות, שציוה על הרציחה". מבואר שאסור להמית אדם אחד כדי להציל את חברו,
ולכאורה לפי זה קשה על יונה שאמר: "שאוני והטילוני אל הים", כיצד יכולים אנשי הספינה להציל עצמם בהטלתו, מי יאמר שדמם אדום יותר מדמו? ומה שהרשה להם יונה להטילו אינו כלום לפי שאין לאדם רשות על גופו ולכן אסור לאדם לאבד עצמו לדעת.
בירושלמי מסכת תרומות בסוף פרק ח מובא: "סיעות של בני אדם שהיו מהלכים בדרך, פגעו בהם גויים ואמרו: תנו לנו אחד מכם ונהרוג אותו ואם לאו הרי אנו הורגין את כולכם, אפילו כולן נהרגין לא ימסרו נפש אחת מישראל, ייחדו להן אחד כגון שבע בן בכרי ימסרו אותו ולא ייהרגו אמר רבי שמעון בן לקיש: והוא שיהא חייב מיתה כשבע בן בכרי, ורבי יוחנן אמר: אף על פי שאינו חייב מיתה כשבע בן בכרי". לפי רבי יוחנן אפשר להבין למה היה מותר למסור את יונה למיתה אם ייחדו אחד מהם אעפ"י שאינו חייב מיתה, וכיון שמציאותו של יונה בספינה סיכנה את כולם, היתה הטלתו לים כדין וכהלכה
אבל לפי הרמב"ם (בפ"ה מהל' יסודי התורה ה"ה) שפסק כריש לקיש וכתב: "אם יחדוהו להם ואמרו תנו לנו פלוני או נהרוג את כולכם, אם היה מחויב מיתה כשבע בן בכרי יתנו אותו להם, ואין מורין להם כן לכתחילה, ואם אינו חייב מיתה יהרגו כולן ואל ימסרו להם נפש אחת מישראל". לכאורה קשה למה הטילו את יונה?
ואולי יש לחלק בין המקרה של הירושלמי שהמתבקש להימסר היה באותו מקום גם קודם לכן, והוא לא עשה שום מעשה שבגללו הגויים מאיימים להרוג את כולם, ואז אם הוא אינו חייב מיתה אין רשות למסור אותו כדי להציל את האחרים. מה שאין כן במקרה של יונה, אחר שידע שהוא חייב מיתה בידי שמים מפני שהוא בורח מלפני ה' בכבישת נבואתו, מדוע בא לספינתם לסכן במעשהו את כל יושבי הספינה, על כן במקרה כזה וודאי שמותר להם להציל עצמם במיתתו, מדין הבא להרגך השכם להורגו,
הרמ"א (חו"מ תכ"ה ס"א): "מי שמסכן את הרבים כגון שעוסק בזיופים במקום שהמלכויות מקפידות דינו כרודף ומותר למוסרו למלכות" ובתוספתא (תרומה פ"ו כג): "סיעה של בני אדם שאמרו להם גויים: תנו לנו אחד מכם ונהרגהו ואם לאו הרי אנו הורגין את כולכם, יהרגו כולן ואל ימסרו להן נפש אחת . . . אמר ר' יהודה: במי דברים אמורים בזמן שהוא מבפנים והן מבחוץ, אבל בזמן שהוא מבפנים והן מבפנים הואיל והוא נהרג והן נהרגין יתנוהו להן ואל יהרגו כולן". כשקיימת אפשרות שאם האחד שבחוץ ייהרג והשני שבפנים יחיה ויינצל אז אין מוסרים אותו, אבל במקרה שבין כה וכה האדם שמבקשים אותו ימות, אלא שאם ימסרוהו ינצלו האחרים, למה שימותו האחרים אם בלאו הכי גם הוא ימות. ובמקרה של יונה כולם ימותו.
עוד מובא במדרש: "אמר להם (יונה): לא אכחד מכם כי בשבילי הצרה הזאת עליכם, שאוני והטילוני אל הים וישתוק מעליכם, שנאמר: ויאמר אליהם שאוני והטילוני וגו'. ר' שמעון אומר לא קבלו האנשים להפיל את יונה אל הים והפילו גורלות עליהם ויפול הגורל על יונה, שנאמר: ויפילו גורלות ויפול וגו'. מה עשו? נטלו את הכלים שבאוניה והשליכו אותם אל הים להקל מעליהם ולא הועיל מאומה, רצו לחתור ליבשה ולא יכלו. מה עשו נטלו את יונה ועמדו על ירכתי הספינה ואמרו אלוקי עולם ה' אל תיתן עלינו דם נקי, שאין אנו יודעין מה טיבו של האיש הזה. אמר להם: בשבילי הצרה הזאת עליכם שאוני והטילוני אל הים, מיד נטלוהו והטילוהו עד ארכובותיו ועמד הים מזעפו, לקחו אותו אצלם והים סוער עליהם, הטילוהו עד טבורו והים עמד מזעפו, והעלו אותו אצלם והים הולך וסוער עליהם, הטילוהו עד צווארו ועמד הים מזעפו, ועוד העלו אותו אצלם והים הולך וסוער עליהם, הטילוהו כולו ומיד עמד הים מזעפו". מדברי המדרש אנו לומדים מה שכתב "הדרכי משה" בשם "הגהות מימוניות": "שצריך לחזור לכתחילה על כל צידי צדדים קודם שימסרוהו", וכך נהגו אנשי הספינה שלא השליכוהו אלא רק אחר שנוכחו שכל המאמצים להצלתו לא הועילו אז נטלוהו והטילוהו אל הים.