ישיבת ההסדר "חן במדבר" אשר בערד, ביטלה באופן סופי את מסלול ה"הסדר" עם צה"ל. בתקופה האחרונה שלח ראש הישיבה, הרב ינון אילני, מכתב לאיגוד ישיבות ההסדר ובו ביקש לבטל את מסלול ה"הסדר" לה הייתה שותפה הישיבה למן הקמתה.
החלטתה של ישיבת ערד מגיעה בעקבות ביטול ה"הסדר" עם ישיבת "הר ברכה", בהתאם להוראתו של שר הביטחון, אהוד ברק. "אין זה כבודה של תורה ששר הביטחון ינהג בעזות מצח ובזלזול כלפי ראש ישיבה מכובד, וכל ראשי הישיבות גדולי התורה יכניעו את עצמם כדי שהשר יואיל בטובו לסלוח לו על "פשעו"", כתב הרב אילני בנימוקיו אל איגוד ישיבות ההסדר.
"במקום זה, צריכה לצאת דרישה חד-משמעית להחזיר את המצב לקדמותו, ואל לו, לשר הביטחון, להתערב באמרותיהם של ראשי הישיבות. דעת תורה צריכה להישמע בלי כל כפייה חיצונית, ועל כך נלחמו גדולי ישראל בכל הדורות", הוסיף. ראש ישיבת ערד הסביר לחברי איגוד ישיבות ההסדר כי "לצערי הרב, ולמרות המחיר הכבד לישיבה בערד, אינני יכול להיות שותף לדברים שאינני מבין ואני מבקש לבטל את האישור להסדר בישיבת ערד".
בעקבות ההחלטה הודיעה הנהלת הישיבה לתלמידים המשרתים בשירות פעיל בצה"ל כי עליהם להיערך למצב החדש שנוצר: רישום למסלול "הסדר" בישיבה מוכרת אחרת, או שירות צבאי מלא.