היועץ המשפטי לממשלה, יהודה וינשטיין, אישר את המלצת פרקליטות מחוז ירושלים אשר דרשה להעמיד לדין, לאחר שימוע, את הרב מוטי אלון בחשד לעבירות מין שביצע לכאורה בשני קטינים בין השנים 2003-2005. ההחלטה התקבלה על דעת פרקליט המדינה, משה לדור - ונמסרה לרב היום (ה) בשעות הצהריים.
לפני כחודש העבירה הפרקליטות את טיוטת חוות הדעת הממליצה ליועץ המשפטי לממשלה, יהודה וינשטיין, להעמיד לדין את הרב מוטי אלון בגין ביצוע מעשים מגונים בשני נערים לפחות. בפרקליטות ציינו כי הגיעו למסקנה לאחר בחינת עמדת המשטרה בפרשה.
זכור, לפני מספר חודשים האשימו חברי פורום תקנה את הרב אלון ב"מעשים המנוגדים לערכי המוסר והקדושה" לדבריהם הרב אלון הפר את הסיכום שנערך עימו במסגרתו אמור היה לחדול מעיסוק חינוכי-ציבורי, ולכן נאלץ הפורום לפרסם את האשמות נגדו. הרב אלון מצידו סרב להתייחס באופן ישיר להאשמות נגדו, וציין כי הוא מקבל את הייסורים באהבה.
לפני כחצי שנה ובתום חקירה שהחלה בחודש פברואר האחרון,המליצה המשטרה לפרקליטותלהעמיד לדין את הרב מוטי אלון. במהלך עבודת הצוות נערכו מספר בדיקות לאיתור מתלוננים שנפגעו מינית ע"י הרב. יחידת להב 443 של המשטרה הצליחה לאתר מתלונן, אשר על עדותו לא חלה התיישנות. המתלונן הביע את הסכמתו למסור עדות מפורטת אודות מעשים מגונים בכוח בתקופת היותו קטין שבוצעו בו ע"י הרב אלון בשנים 2005-2006.
חומר החקירה שנאסף הוצג בפני ראש אגף החקירות במשטרה, פרקליט המדינה והיועץ המשפטי לממשלה, שהחליטו על בדיקה מעמיקה יותר של התלונה. לאחר שבוצעו מספר בדיקות, שהוכיחו וחיזקו את עדותו של המתלונן, החליט היועץ המשפטי לממשלה לפתוח נגד הרב אלון בחקירה פלילית. במסגרת החקירה הפלילית, נחקר הרב אלון - תחת אזהרה והמשטרה העבירה את חומרי החקירה לפרקליטות מחוז ירושלים, שתערוך לרב אלון שימוע לפני הגשת כתב אישום נגדו.