לקראת פתיחת שנת הלימודים, השיקה תנועת "הכל חינוך" בשיתוף עם ארגוני זכויות אדם, את מוקד הפניות לאפליה במערכת החינוך. המוקד הטלפוני, אשר יפעל במהלך שנת הלימודים ועד ה-16 בספטמבר, יעניק ייעוץ למעוניינים בנושאי רישום לבתי ספר או הרחקה ממנו, פגיעה בתלמיד על רקע מוצא עדתי, קבוצה דתית, השתייכות פוליטית או נטייה מינית.
בין יועצי המוקד, אשר יעניקו את חוות דעתם לפונים נמנים עו"ד אביעד הכהן, משרד עורכי הדין ברנע, לצד משפטנים ואנשי חינוך נוספים. "באמצעות המוקד, מבקשת התנועה להעמיד את ביטול האפליה והעמקת השוויון בראש", נמסר מ"הכל חינוך". "אנו רואים במעשה זה שליחות גדולה שנועדה להחזיר למדינת ישראל את תעודת הזהות הבסיסית שלה".
התנועה אף השיקה "מסכת זכויות" שנכתבה במיוחד עבור פעילות מוקד האפליה, הכוללת את זכויותיהם של ילדי ישראל, הסברים על מהי אפליה על רקעים שונים, ומהם הצעדים בהם ניתן לנקוט. כך למשל ניתן למצוא במסכת הזכויות כי אסור להפלות תלמידים ברישום לבית הספר או בקבלה לבית הספר, כך גם אסור לקבוע מסלולי לימוד נפרדים לתלמידים שונים.
בתנועה טוענים כי ישנן גם אפליות המותרות על פי חוק. "קיום כיתות נפרדות לבנות ובנים בחינוך הדתי אינו נחשב לאפליה. במקרה כזה רשאים ההורים או התלמיד עצמו, אם אינם חפצים בהפרדה, לבקש מהרשות המקומית לאפשר להם להירשם לבית ספר אחר בו אין מתקיימת הפרדה כזו", מדגישים ב"הכל חינוך". הוא הדין לקיומן של כיתות לימוד נפרדות לחינוך המיוחד. כמו כן, "לבית ספר ממלכתי דתי מותר להציב כתנאי לרישום הקפדה על אורח החיים הדתי של התלמיד בהתאם לכללי משרד החינוך".
הרב שי פירון, מנכ"ל "הכל חינוך", מתאר כי בשלושת ימי הפעילות של המוקד, כבר התקבלו בו עשרות פניות. "כשאתה מדבר על אפליה, הקונוטציה הראשונית היא אפליית אתיופים או פרשת עמנואל של הפרדה עדתית. זו לא המציאות הרווחת, אנו לא מחפשים דווקא את הסיפורים האלו", הוא ממהר להצהיר. "המקרים שפונים אלינו הם בדרך כלל ילדים שלא התקבלו לבתי ספר אזוריים בשל הישגים או בשל בעיות בתשלומי הורים, הסעות לתלמידי חינוך מיוחד או פגיעה בזכויות תלמידים".
לדברי הרב פירון, תפקידו של המוקד הינו "לעסוק בשאלות מוסריות ולתת לכל ילד את מקומו במערכת החינוך הציבורית. רוב הפניות אלינו מגיעות דווקא מבתי ספר חילוניים, אך כמובן שאנחנו קשובים לכל תלמיד ותלמיד. נשתדל לבער את האפליה במובן העמוק של המושג, לאו דווקא במה שמצטלם טוב יותר לכותרות העיתונים".