"זאת חוקת התורה - לפי שהשטן ואומות העולם מונין את ישראל, לומר - מה המצוה הזאת, ומה טעם יש בה? לפיכך כתב בה חוקה: גזירה היא מלפני ואין לך רשות להרהר אחריה" (רש"י).
מצוות פרה אדומה ידועה כמצווה תמוהה, כחוקה שלא ניתן להבין טעמה. כמה וכמה דברים בפרשייה זו נראים מוזרים - מדוע דווקא פרה אדומה? מדוע האפר של הפרה האדומה מטהר מטומאת המת? והתמיהה הגדולה ביותר היא כיצד ייתכן שכל העוסקין בפרה מתחילה ועד סוף ניטמאים, והיא עצמה מטהרת טמאין?
בצורה הבוטה ביותר מביא המדרש את השאלה ש"שאל גוי אחד את רבן יוחנן בן זכאי: מעשים אלו שאתם עושים נראים כמין כשפים! אתם מביאים פרה ושורפין אותה וכותשין אותה ונוטלין את אפרה, ואחד מכם שטמא למת - מזין עליו שתיים או שלש טיפות ואתם אומרים לו טהרת?
אמר לו: נכנס בך רוח חזזית מימיך? אמר לו: לא. - ראית אדם שנכנסה בו רוח תזזית? אמר לו: הן. אמר לו: ומה אתם עושים? אמר לו: מביאים עיקרים, ומעשנין תחתיו, ומרביצין עליה מים, והיא בורחת. אמר לו: ישמעו אוזניך מה שאתה מוציא מפיך! כך הרוח הזה רוח טומאה, דכתיב: וגם את הנביאים ורוח הטומאה אעביר מן הארץ מזין עליו והוא בורח.
לאחר שיצא אמרו לו תלמידיו: לזה דחית בקנה, לנו מה אתה אומר? אמר להם: חייכם, לא המת מטמא ולא המים מטהרין, אלא אמר הקב"ה: חוקה חקקתי, גזירה גזרתי, אי אתה רשאי לעבור על גזירתי" (במדבר רבה יט, ח).
האם אין טעם למצוות פרה אדומה? אין הדבר כך, ודאי שכל דברי התורה הינם דברי אמת ויושר, וגם אם איננו מבינים אותם יש בהם עומק נסתר. חז"ל מביאים ששלמה המלך חקר בכל התורה כולה, ופירש את כל הנושאים התמוהים, מלבד פרה אדומה - כאשר הגיע לפרשת פרה אדומה "אמר שלמה: על כל אלה עמדתי, ופרשה של פרה אדומה חקרתי ושאלתי ופשפשתי; אמרתי אחכמה - והיא רחוקה ממני" (קהלת ז). בהמשך מביא המדרש שלמשה רבינו כן נתגלה טעמה של פרה אדומה (תנחומא חוקת ו) - שכן בהקשר של פרה אדומה, המדרש דורש את הפסוק "מי כהחכם ומי יודע פשר דבר" (קהלת ח) מי כהחכם זה הקדוש ב"ה שכתוב (משלי ג) ה בחכמה יסד ארץ, ומי יודע פשר דבר זה הקב"ה שפירש את התורה למשה, שנאמר חכמת אדם תאיר פניו" (קהלת ח). כלומר, ודאי יש טעם גם למצוות פרה אדומה, אלא שלא נתגלה לשלמה המלך, ואעפ"כ למשה נתגלה.
המהר"ל (בתפארת ישראל פרק ח) מביא מדרש זה כדי להוכיח נגד שיטתו של הרמב"ם בפירוש טעמי המצוות - הרמב"ם טוען שיש במצוות טעם הגיוני ושיטתי, כך למשל איסורי מאכלות אסורות יש בהם סיבה בריאותית, שכן אותם מאכלים אסורים גורמים להשפעות רעות על הגוף והנפש; המהר"ל יוצא בחריפות נגד שיטה זו וטוען שהדבר לא ייתכן - וכי התורה היא "ספר מספרי הרפואות או ספר הטבע? חס ושלום לומר כך!"
התורה כולה היא דברי אלקים חיים, ודווקא משום כך ברור שישנם דברים שאינם מובנים לנו - אילו הייתה התורה כולה מובנת וברורה, הייתה זו חכמה אנושית בלבד; דווקא מתוך החוקות והגזירות הבלתי מובנות, אנו למדים שמדובר כאן בחכמה אלוקית, במוסר אלוקי עליון.
נראה שאין רע בלחקור ולנסות להבין את טעמי המצוות של התורה, ולמצוא בהם גם משמעויות לחיינו הגשמיים והנפשיים. אך מאידך יש לזכור שלא מדובר כאן אלא בטעמים - מהו הטעם שאנחנו טועמים במצווה, ולא מדובר כאן בסיבה שבגללה עלה ברצון ה לצוות אותנו במצוות אלו, שכן "לא מחשבותי מחשבותיכם". ממילא עלינו להמשיך ולקיים את התורה גם כאשר היא איננה מובנת לנו, כי גם כאשר איננו מתחברים למצווה זו או אחרת, ההתבטלות כלפי רצונו של הקב"ה וקיום המצוות כולן, הם שיביאו אותנו לקרבת אלוקים.