מדוע בורח יונה? האם הוא באמת חושב שיוכל להתחמק מבורא עולם? יונה עצמו מסביר את סיבת בריחתו " הֲלוֹא-זֶה דְבָרִי עַד-הֱיוֹתִי עַל-אַדְמָתִי--עַל-כֵּן קִדַּמְתִּי, לִבְרֹחַ תַּרְשִׁישָׁה: כִּי יָדַעְתִּי, כִּי אַתָּה אֵל-חַנּוּן וְרַחוּם, אֶרֶךְ אַפַּיִם וְרַב-חֶסֶד, וְנִחָם עַל-הָרָעָה." כלומר הבעיה של יונה איננה עצלנות מלבצע את השליחות, אלא מחלוקת עקרונית עם ריבונו של עולם על דרך ההנהגה בעולם.
מהי דעתו של יונה? האם הוא לא חושב שצריך לחזור בתשובה? כדי להבין זאת נתבונן בדרך הפעולה המוזרה של יונה בעודו בורח: יונה יושב בספינה שעומדת להישבר כאשר כל האנשים סביבו מתרוצצים לרוקן את המים, אך הוא יושב ולא עוזר להם. לאחר שאנשי הספינה מגלים שהוא הסיבה לסערה, במקום לבקש רחמים הוא מורה להם לזרוק אותו מן הסיפון, ודווקא אנשי הספינה הם אלו שמנסים להימנע מכך "וַיֹּאמְרוּ, אָנָּה יְהוָה אַל-נָא נֹאבְדָה בְּנֶפֶשׁ הָאִישׁ הַזֶּה, וְאַל-תִּתֵּן עָלֵינוּ, דָּם נָקִיא".
מדוע יונה נוהג כך? המסקנה היא שיונה סובר שכל אדם צריך לעמוד לבד מול גורלו, בכוחות עצמו. הוא טוען שהאדם צריך לשאת באחריות הבלעדית למעשיו ואין סיבה שהוא יתפלל על יושבי הספינה, ובאותה מידה הם יכולים לזרוק אותו מן הסיפון אם יתברר שהוא הגורם לצרה. יונה חושב שכל אדם נושא באחריות הפרטית על חייו ואין זה הוגן שגורלו של אדם ישתנה בגלל מעשיו של הזולת. זוהי גם הסיבה לכך שיונה מתנגד לשליחות.
יונה מבין שאם ה' יביט על כל אדם בנינוה באופן פרטי, הוא יהיה חייב, רק כאשר הקב"ה מסתכל על נינוה בתור "עיר גדולה", בתור ישות אחת, יש לה סיכוי להגיע לתיקון ולתשובה, כיון שהצדיקים והרשעים מאזנים זה את זה, כיון שרק במבט הכולל אפשר לראות שכל המציאות הולכת לטובה. יונה לא מקבל את הגישה הזו, הוא מעדיף להתבונן אך ורק על הפרט וחושב שאין זה נכון לטשטש את האמת החודרת שלכל אדם יש אחריות אישית על מעשיו ועליו לקבל עונש, יונה חושב שהתשובה היא רק מהלך פרטי ואין לקבל בתשובה עיר שלמה בגלל האחדות שלה.
בליעתו של יונה על ידי הדג יכולה לייצג לא רק אירוע היסטורי אלא גם מהלך נפשי עמוק שיונה עובר בתוך תוכו, הוא נבלע למקום העמוק והבודד ביותר, במעמקי האוקיינוס, ושם הוא מתוודע לתוצאות של גישתו הקיצונית. לפתע הוא עומד באמת מול עצמו כישות בודדת, ואז פורצת מתוכו התפילה לאלוקות, למבט הכולל האחדותי , "לְקִצְבֵי הָרִים יָרַדְתִּי, הָאָרֶץ בְּרִחֶיהָ בַעֲדִי לְעוֹלָם; וַתַּעַל מִשַּׁחַת חַיַּי, יְהוָה אֱלֹהָי." ה' מנסה ללמד את יונה מהם תוצאות גישתו, אבל ללא הצלחה.
לעומת יונה, מלך נינוה מבין את שרעיון של התשובה הוא להיות באחדות, ולכן הוא מוכן לרדת מכיסאו ולהתשוות לשאר העם, הוא מצווה על כולם ללבוש שק, ודורש ליצור השוואה אפילו עם הבהמות "וַיִּגַּע הַדָּבָר, אֶל-מֶלֶךְ נִינְוֵה, וַיָּקָם מִכִּסְאוֹ, וַיַּעֲבֵר אַדַּרְתּוֹ מֵעָלָיו; וַיְכַס שַׂק, וַיֵּשֶׁב עַל-הָאֵפֶר וַיַּזְעֵק, וַיֹּאמֶר בְּנִינְוֵה לֵאמֹר: הָאָדָם וְהַבְּהֵמָה הַבָּקָר וְהַצֹּאן, אַל-יִטְעֲמוּ מְאוּמָה--אַל-יִרְעוּ, וּמַיִם אַל-יִשְׁתּוּ. ח וְיִתְכַּסּוּ שַׂקִּים, הָאָדָם וְהַבְּהֵמָה" מלך נינוה מבין שסוד התשובה הוא סוד האחדות והקשר בין אדם לזולתו, ואפילו בין אדם לבהמתו. הוא מבין שרק אם נתייחס אל עצמנו כישות אחת גדולה, נוכל לראות כיצד גם המעשים הרעים מאוזנים על ידי המעשים הטובים ובמבט הכולל כולנו מתקדמים אל הטוב. וכך הוא ניצל.
כאשר מצליח מלך נינוה, יונה חוזר ומתלונן על כך שה' מרחם על העם ולא דן אותם כבודדים. באפיזודה האחרונה של הסיפור ה' מנסה שוב להראות לו שגם הוא, יונה הבודד, תלוי באחרים, בקיקיון, שגם הוא זקוק לחסד ולרחמים ואי אפשר לעמוד בפני השמש הקופחת לבדו ללא עזרה. איננו יודעים אם יונה קיבל את המסר, אך אנו בוודאי זקוקים לו מאוד.
בכל אחד מאיתנו יש את הנטיה של יונה להיות בודד, להסתגר בתוך עצמו ולראות את קיומו כדבר המרכזי במציאות. העולם המודרני נותן לאדם קשרים רבים עם חבריו, אבל הקשרים האלו אינם יחסים אמיתיים זה עם זה, אין בהם נתינה או הקרבה. החברים בפייסבוק משמשים לזריקת משפטים מתוחכמים ולא מבטאים הזדקקות אמיתית זה לזה.
העולם המודרני נותן לנו ציפוי דביק ונוצץ של קשרים חברתיים, שאין בהם ממש. האדם מדמה לעצמו שהוא קשור, אך בעצם הוא מרוכז בעצמו, הוא חושב שיש לו חברים, אבל בעצם יש לו אגו גדול שמנסה להתבטא כמה שיותר. חברות אמיתית היא היכולת לצמצם את עצמך כלפי הזולת, ולא לנסות להחדיר לו כמה שיותר סטטוסים "חכמים" לסמארטפון.
ביום כיפור, בו קוראים את ספר יונה, אנחנו מנסים לצאת מבטן הדג, לקום ולעזור בריקון המים מן הסיפון, ביום כיפור אנו מנסים להחלץ מתוך עצמנו באמת וכך לראות את המבט של התשובה שמסוגל לכפר על כל הפשעים. ביום כיפור כולנו לובשים אותם בגדי לבן פשוטים, תוקעים בסופו בקרן איל כפופה, לא אוכלים מעדנים ולא מתענגים בכספנו הנוצץ, אנו משתווים זה לזה לגמרי וכך מסוגלים להחלץ מתוך הפרטיות של עצמנו ולהגיע לתשובת אמת.