מבקר המדינה החל לבחון לעומק את המחדל של הדרג הצבאי והמדיני ב-7 באוקטובר, אך נתקל במכשולים רבים כשבצה"ל ובמשרדי הממשלה השונים מסרבים לתת גישה למסמכים מסוימים, ומערימים קשיים על המבקר. בתגובה פנה מתניהו אנגלמן לרמטכ"ל ולראש הממשלה בדרישה למלא אחר חובתם החוקית לשתף פעולה עם ביקורת המדינה ולמסור כל מסמך הנדרש לצורך הביקורת.
"צה"ל אינו משתף פעולה"
המבקר החל לבחון את צה"ל, וטען כי בנושאים שאינם קשורים ישירות לצבא אין שיתוף פעולה מצידם: "בנוגע לביקורות שהתחלנו בנושאים אזרחיים ובהן צה"ל אינו המבוקר הראשי והן אינן נוגעות ללחימה, צה"ל אינו משתף פעולה ואינו מאפשר את השלמתן של ביקורות אלו שהן בעלות חשיבות עליונה" טען.
הוא הדגים: "כך, כתוצאה ממניעת כניסה של צוות ביקורת על ידי צה"ל למחנה שורה (בחלקו האזרחי) לא ניתן להשלים את הביקורת בנושא פינוי חללים (במיקוד על חללים אזרחיים), ובאופן דומה, מתעכבת גם הביקורת בנושא הטיפול באנשי מילואים שהם סטודנטים או בעלי עסקים עקב אי-קיומה של פגישה עם קצין מילואים ראשי".
הרמטכ"ל, "צה"ל לא משתף פעולה" צילום: דובר צה"ל
המבקר: "מצב לא ראוי מבחינה ציבורית"
מבקר המדינה לא פסח על הדרג המדיני והאשים בפה מלא: "מזכירות הממשלה והמטה לביטחון לאומי הטילו סייגים על העברת מסמכים, באופן המגביל את המסמכים המועברים אלינו רק לשנתיים שקדמו לפרוץ המלחמה; לשכת המנכ"ל העבירה חלק מהמסמכים המבוקשים; המטה לביטחון לאומי מעביר מסמכים אך קצב העברתם איטי".
נתניהו, צילום: Noam Revkin Fenton,Flash90
"העובדה שלמעלה מחצי שנה לאחר הטבח ביום 7.10 וקרוב לארבעה חודשים לאחר שהודעתי על התחלת הביקורת, צוותי העבודה במשרדי אינם זוכים למלוא שיתוף הפעולה הנדרש משקפת מצב לא ראוי מבחינה ציבורית. ההתנהלות האמורה, המעכבת את עבודה הביקורת, אינה מתיישבת עם הוראות הדין" תקף אנגלמן.