לכאורה, בניגוד לנהלים וללא סמכות חוקית, פרסם גורם ברבנות הראשית לישראל ״נוהל ועדת משמעת לנבחנים" באתר האינטרנט של הרבנות. לנוהל זה לא צורפו כל דברי הסבר באשר לרקע התקנתו, מיהם מתקניו ומה מקור סמכותם החוקית לעשות כן.
במכתב הממוען ליועץ המשפטי לממשלה, לחברי מועצת הרבנות הראשית ולמבקר המדינה, מבקשים פרופ' אביעד הכהן, נשיא המרכז האקדמי שערי מדע ומשפט, והקליניקות המשפטיות במרכז שקיבלו פנייה בעניין הנוהל, לקבל הבהרה בנושא.
הכהן טען במכתבו כי על פניו נראה כי נוהל זה מתיימר ל"הקים" לכאורה ועדת משמעת, גוף מעין שיפוטי, מבלי שהרבנות הראשית הוסמכה לעשות כן בחוק. למיטב ידיעתו, כתב הכהן, "התקנת נוהל זה ומכל שכן תוכנו לא נדונו מעולם במועצת הרבנות הראשית".
במכתבו ביקש הכהן לברר מי יזם את כתיבת הנוהל, מתי ומאילו טעמים, ומהו הבסיס המשפטי להקמת מעין "בית דין משמעתי" בלא הוראה מסמיכה בחוק.
"אם אכן הנוהל לא נדון במועצת הרבנות הראשית, מדובר בהליך פגום ובלתי חוקי בעליל, שבו מנסה גורם מנהלי (שכרגע לא ברור מיהו) להקים מעין 'בית דין משמעתי' בחוסר סמכות ולקבל באמצעותו החלטות שעשויות להשפיע על גורלם של נבחנים רבים. יצוין כי הבחינות לרבנות ולדיינות הנן קשות ביותר ולעתים נדרשות מספר שנים של לימוד כדי לעבור איתן והן מהוות תנאי לקבלת משרות בעולם הרבנות".
מהרבנות הראשית לישראל נמסר בתגובה: "תפקידו של הנוהל לשמור על טוהר הבחינות ולהבטיח התנהלות אתית של מערך הבחינות וההסמכה של הרבנות הראשית לישראל.
"נבקש להזכיר כי הרבנות הראשית לישראל הינה יחידת סמך ממשלתית, וככל שהפונה הנכבד מעוניין לקבל מענה הוא מוזמן לפנות בדרכים המקובלות והוא ייענה בהתאם".